Aujourd’hui, le nombre d’espèces de chauves-souris sur la planète n’est pas totalement connu. On estime à plus de 1200, le nombre d'espèces réparties dans 18 familles. 34 espèces sont reconnues en France métropolitaine, on trouve ainsi :
Les Rhinolophidés
Rhinolophe euryale(Rhinolophus euryale)
Grand rhinolophe (Rhinolophus ferrumequinum)
Petit rhinolophe (Rhinolophus hipposideros)
Rhinolophe de Méhelyb (Rhinolophus mehelyi)
les Vespertilionidés
Barbastelle d'Europe (Barbastella barbastellus)
Sérotine de Nilsson (Eptesicus nilssoni)
Sérotine commune (Eptesicus serotinus)
Vespère de Savi (Hypsugo savii)
Murin d'Alcathoé (Myotis alcathoe)
Murin de Bechstein (Myotis bechsteini)
Petit murin (Myotis blythi)
Murin de Brandt (Myotis brandti)
Murin de Capaccini (Myotis capaccinii)
Murin à moustaches (Myotis mystacinus)
Murin des marais (Myotis dasycneme)
Murin de Daubenton (Myotis daubentoni)
Murin à oreilles échancrées (Myotis emarginatus)
Grand murin (Myotis myotis)
Murin de Natterer (Myotis nattereri)
Murin du Maghreb (Myotis punicus)
Murin d'Escalera (Myotis escalerai)
Grande noctule (Nyctalus lasiopterus)
Noctule de Leisler (Nyctalus leisleri)
Noctule commune (Nyctalus noctula)
Pipistrelle de Kuhl (Pipistrellus kuhli)
Pipistrelle de Nathusius (Pipistrellus nathusii)
Pipistrelle commune (Pipistrellus pipistrellus)
Pipistrelle pygmée (Pipistrellus pygmaeus
Oreillard gris (Plecotus austriacus)
Oreillard roux (Plecotus auritus)
Oreillard alpin (Plecotus macrobullaris)
Sérotine bicolore (Vespertilio murinus)
Les Minioptéridés
Minioptère de Schreibers (Miniopterus schreibersi)
Les Molossidés
Molosse de Cestoni (Tadarida teniotis)
Les chauves-souris font l'objet de beaucoup et toutes les espèces font l'objet d'une réglementation de protection. Toutes les espèces n'étant pas connues, il se peut que cette liste se modifie au cours des années à venir.